J'ignore la taille du projet sur lequel tu travail, donc c est peut etre difficile mais en fait, tu n es pas obligé de remplacer toutes tes tables liées fichiers par des tables liées requetes, c est juste très fortement conseillé parcequ'une table liée fichier fait des accès permanant aux fichiers chaque fois que l utilisateur selectione/modifie/deplace l ascenceur de ta table, ce qui peut surcharger le reseau si les utilisateurs sont nombreux...
Pour en revenir a ton probleme, il y a 2 solutions:
La 1ere c est de dire dans la description de la table que tu veux que les modifs de la requete soient immédiatement repercutées sur le fichier (je ne me souviens plus exactement de quelle coche ni a quel endroit, cf doc windev sur les tables

)
La 2eme solution que je lui preferrerais: modifier toi meme le fichier à chaque modif d'une colonne de ta table (tu te positionne sur l enreg voulu du fichier via un hlitrecherche sur l id unique fourni par ta requete, mets a jour les rubriques, pui sun petit hmodifie)
je préfère cette solution car j'ai l'impression de mieux maitriser ce que je fais (pour une modification automatique je ne sais jamais ce que fais vraiment WinDev derriere ni comment il va réagir en cas de doublon/erreur reseau/...)